柯文哲首先表示，本土疫情升溫，本日確診16例，是過去一年多以來，臺灣面對新冠肺炎後最嚴峻的一次，因此防疫需要升級，然而因爲直接升到第三階段影響太大，所以市府會逐步向上提升管制標準。現階段管制重點如下：
一、 臺北市政府主辦的活動在6/8日前全面取消。並開始嚴格執行公署實名制。市府大樓從明日起，進出實施實名制管制。透過身分證掃條碼、臺北通條碼，或其他經實名認證的卡片，如公務員的卡證、學生證等，做為出入的憑證。明日即從市府大樓開始，而後隨著市府的準備狀況，逐步推行到其他公署。
二、 衛生局方面，督導專責醫院，更嚴格的執行分艙分流，並開始預留床位，以預防病人有需求時，有足夠的床位能使用。
三、 防疫旅館再增兩百床，作為隔離處所之用。
柯文哲並強調，此次許多北部確診的個案都曾至中南部進香，在香客大樓有同住共餐的行為，傳染風險相當高，因此從現在起，宗教相關的群聚活動應該要停辦，也呼籲有參與過宗教群聚活動的民眾如有身體不適，務必做好自主健康管理並盡速就醫。
柯文哲進一步表示，因疫情在短短的時間內升溫，因此臺北市將開始研議提升大量快篩機制。讓第一線的醫院能夠快速判斷、匡列確診者。他認為用防疫旅館、居家檢疫的防疫戰術應該改變，因為疫情疫情已經進入社區，應該用快篩進一步防堵。
黃珊珊補充說明北市「準第三階段防疫內容」：
一、6月8日前，市府主辦的活動都取消。
二、明(13)日起市政大樓全面實名制，請市民朋友使用臺北通或是身分證，比較重要的是機關同仁，接下來會啟動異地辦公的機制，去年北市府已經演練過。
三、和平醫院將做到徹底的分艙分流，也就是隔離病房與一般門診醫護人員完全隔絕，也會把醫療物資和空間進行整備，目前已清出77張空床來預備給臨時的大量病患。北市也會開始研議提升大量的快篩機制。
四、民政局轄管之公有場館暫停租借、活動暫時取消，宗教的群聚活動建議停辦。關於社會局的社區關懷據點停辦、老人服務中心不開放。
五、教育局大型活動取消，考試與甄選現階段仍遵照中央指示辦理；例如接下來的教師甄選，只要一間教室內不超過100人，都比照會考做防疫工作。防疫計程車目前有15輛，未來會研議擴充量能，以因應未來大量增加的居檢或居隔者的就醫需求。
柯市長指示，針對防疫計程車駕駛，未來在施打疫苗的時候，會協助他們免掛號費。現在也正在研議防疫巴士，以因應大量移置人員的需求，目前正在與業者討論。
六、體育局目前所有的體育活動都延後或停辦。
七、觀傳局已協調防疫旅館業者，啟用備援防疫旅館200房，做為隔離的處所。
會後進行媒體聯訪。媒體首先詢問，現在臺北市啟動準第三級警戒，是否會比照新北超前部屬？社區感染爆發「該封城就封城」？柯文哲表示在短短的24小時，就從第二階段進到第三階段，速度相當快，但他認為不需製造更多的恐慌，「該封城就封城」這句話是對的，但封城是需要出動軍隊管制的，不要亂來。
媒體問到，若升至第三級應變是否包含應變醫院以及大型收治場所的啟用？柯文哲說，對於大型的醫療院所其實北市府都有準備，也不用在這個階段再去增加市民的恐慌。臺北市醫療資源最豐富，現在隨著社區感染擴大，需要預留醫療空間，非緊急的盡量不安排住院，目前專責醫院已經在預留空床。
媒體詢問，今日有兩例出現在萬華，市府已掌握相關接觸人員以及足跡？黃珊珊回應，市府接到通報的時候，今日下午2時已啟動萬華全區的消毒，因為確診者工作的關係，在疫調上的確碰到一些困難，但市府負責疫調工作的同仁都儘量在做追蹤，也會啟動旁邊的監視系統，這需要花時間。
黃珊珊表示，市府疫調因應本土案例的突然增加，已調動其他科室的同仁進去協助，會在最快時間內做完相關的疫調，但是只要通報的部分，市府都已經完成清消。有關封城演練，市府去（109）年就做過桌上演練，所有的SOP、市長的指示都在SOP裡面。
媒體詢問，疫情拉升，中央開放民間買賣疫苗，市府的看法？柯文哲回應，他中午看到新聞，就覺得這件事情是非常不負責任的行為，如果要開放，中央應該要早點說，現在中央是把自己的責任全部丟給地方政府首長，變成地方政府自己要去買疫苗，買不到就是地方政府的問題。到了今天這個局面，中央卻突然講出這種話，這是非常不負責任的行為。
媒體詢問，衛生局大量快篩的機制可以達到什麼程度？柯文哲回答，一般最常使用的檢驗方法是測mRNA的RT-PCR技術，精密度較高。另一個方法就是測抗原，也就是測濾過性病毒的蛋白質量來判定受檢者是否被感染。
柯文哲指出，之前臺灣本土案例還不是這麼多的時候，自然會採用較精準的RT-PCR技術，但目前在臺灣做一次檢驗大約要5千多元。如果改採測抗原，雖然精準度較低一些，但檢測過程會較快。
他也指出，近期病例突然暴增，整個北市甚至整個臺灣防疫戰略可能要改變。未來也許要考慮是否要針對有發燒、咳嗽等疑似症狀的病患直接先做檢測，利用快篩檢測鼻腔內是否有新冠肺炎病毒的蛋白質，大概10分鐘內就可以做完。結果一出來，除了趕緊送往防疫專責醫院之外，市府也可以很快匡列接觸者，進一步觀察或檢疫。
柯文哲表示，市府已經聯絡相關的國內廠商，也在審慎評估未來可能佈署的地點和數量、以及經費來源，預計明天會進行討論，北市下一步是否要更改檢測方式、開始建立大量快篩機制，有較為清楚架構後會再跟市民報告。
媒體詢問，為什麼用準第三級這個名詞?柯文哲說，如果現在進入到「第三級」，那今天記者會都不能開了，因為室內5人以上都要停掉；若24小時內(升級)一下跳太大步，要再觀察一下，作為政府，在經濟跟防疫當中也要取得平衡，不是超前佈署，而是最適當佈署。
媒體詢問，怎麼看普篩?柯文哲回應，沒有症狀的帶原者用比較不靈敏的方式測出來的比例是多少，要考慮；原則上來說，病例相當的多的時候不用RT-PCR，改用測蛋白質的方式，他同意，但要先看看多少人可以測量、會測量、經費來源，不用一直喊口號，他會想好再跟大家講。
媒體詢問，針對教育單位及公托哪個階段才會停課?大型收治場所是像方艙醫院一樣嗎?柯文哲解釋，方艙醫院是最後階段，真的沒有病床才會啟動，希望不要走到那步以及封城，目前穩紮穩打就好。至於校園的部分，黃珊珊說，在北市SOP裡是到第四階段才停課，校園目前都能篩檢，做好防疫應該可以的，但要到第四階段大規模感染才會停課。
媒體詢問，啟動準第三級階段，目前只針對公有場館的部分，那針對八大行業有進一步規範嗎?比如像是KTV、遊藝場所等?柯文哲強調，其實今天準第三階段是挑最容易的防疫政策上線，然後每天視最新狀況調整，像是昨天到今天疫情就變化很大，所謂的新常態意思就是做法要更有彈性。如果今天真的一次封掉，那現在連餐廳桌菜都要停掉、發便當，因此該怎麼做就怎麼做，不要一下製作太多恐慌。
媒體詢問，北市府什麼時候開始異地辦公?從明天開始嗎?黃珊珊表示，從以前就演練過異地辦公，主要分兩個部分:府外單位用視訊方式開會，異地辦公主要是會議部分，防疫人員則是輪流在異地辦公，不要在同一個處所，比如衛生局長跟疾管科科長就不要在同一個地方、不要一起出現、一起開會，北市府這方面都有SOP並進行演練。
媒體詢問，目前北市萬華兩起不明感染源有打算進行哪些加強管制嗎?黃珊珊回應，今天就已經針對特種行業加強管制，萬華的分局、衛生局、環保局今天都在現場，已經就他們的部分做疫調並進行管制。
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