青潭溪魚類生態豐富，農業局特別與中華民國溪流環境協會合作，請該協會針對青潭溪進行一個月的生態調查及參與魚梯設計，將相關生態資料納入工程規劃參考，在參考地方意見並達成共識後才執行後續工程。
為避免再次發生災害，本案在溪岸崩塌處採用砌石工法施作，完成雙側護岸共182公尺。值得一提的是上游既有固床工高差較大，跌水處原為水泥封底，為友善溪流生態，特別將水泥封底打除，以增加生物棲息空間。該河段經生態調查有臺灣石（魚賓）、臺灣鬚鱲、中華鰍、臺灣纓口鰍、明潭吻鰕虎及粗糙沼蝦等魚蝦，生態團隊建議採來回兩段魚梯的設計，一來可以縮減工程的範圍，二來可以維持河道斷面並將魚梯坡度自17%減緩至約12%，以有利於魚類迴游，並在魚道入口處增加一點落差迂迴，形成水花與湍流，有效吸引魚類進入魚道。
當地里長周興旺表示，市府協助保護當地民眾生命財產安全，工程兼顧防災、美觀及生態，特別感謝施工團隊的努力，於汛期前如期如質完成。
農業局長李玟表示，未來將持續秉持工程友善環境理念，除保護民眾生命財產安全，亦減少對環境的影響，期許營造人類生活、自然生態雙贏的永續環境。
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