對於北市聯醫企業工會提出北市聯醫長期以來對請育嬰假、產假、陪產假、生理假的員工不利待遇，北市聯醫嚴正聲明澄清，並無外界所述之情事，院方一向注重相關問題，三申五令，若有個案情形，隨時歡迎向院區院長或人事室反映，均會立即處理。
北市聯醫指出，依據當年度行政院發布之「軍公教人員年終工作獎金發給注意事項」之規定發給。年終考核係受考人必須於當年度12月31日仍在職，每年年終時以其綜合考核依據評核成績。聯合醫院說，依據公務人員考績法等相關規定，本院約用人員，如當年度連續任職六個月以上，十二月三十一日仍在職者，於每年年終時以「年終考核」評核其年度成績。對於申請產假同仁的年終考核依據實際整體表現進行評核，其甲等比例採獨立評核不與其他在職人員合併計算。
聯合醫院也指出，依據「臺北市政府衛生局所屬醫療機構人員獎勵金發給基準」規定，員工之績效考核係獎勵機制，依實際在職天數及工作貢獻，由單位主管據以評核。
北市聯醫表示，向來重視醫事同仁的辛勞，為了讓醫事同仁能無後顧之憂的投入工作，除積極落實性別工作平等相關法令規範外，為與工會保持良善互動，每季安排總院長與工會理監事座談及於各院區辦理與同仁有約說明會，提供多元管道與同仁建立良性溝通機制，在兼顧保障同仁權益及妥善運用人力下，持續提供市民優質醫療服務。
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